會計制度規定長期股權投資持有期間取得收益和處置收益都確認為投資收益，而短期投資收益確認僅限於處置收益，持有期間取得收益衝減投資成本。根據投資企業對投資企業是否擁有控制、共同控制或重大影響，長期股權投資會計核算方法可分為成本法和權益法。
一、投資收益確認的處理
1.會計處理。會計制度規定長期股權投資持有期間取得收益和處置收益都確認為投資收益，而短期投資收益確認僅限於處置收益，持有期間取得收益衝減投資成本。根據投資企業對投資企業是否擁有控制、共同控制或重大影響，長期股權投資會計核算方法可分為成本法和權益法。不同會計核算方法下長期股權投資的投資收益確認標準分別是：採用成本法時，投資企業根據被投資企業宣告分派的利潤或現金股利確認當期投資收益，投資企業確認投資收益僅限於所獲得的被投資單位在接受投資後產生的累積淨利潤的分配額，所獲得的被投資單位宣告分派的利潤或現金股利超過該數額的部分，衝減投資成本;採用權益法時，投資企業按應享有或應分擔的被投資單位當年實現的淨利潤或發生的淨虧損額確認當期投資損益，並調整長期投資賬面價值，投資企業按被投資單位宣告分派的利潤或現金股利計算應分得的部分，衝減投資賬面價值。會計制度確認股權投資收益時間根據權責發生制。
2.税務處理。税法將持有期間取得收益放在股權投資所得中核算，將處置收益放在企業股權投資轉讓所得或損失中處理。股權投資所得即股息性所得，是指企業通過股權投資從被投資企業所得税税後累計未分配利潤和累計盈餘公積中分配取得股息、紅利性質的投資收益。股權轉讓所得指企業因收回、轉讓或清算處置股權投資的收入減除股權投資成本後的餘額。除另有規定外，不論企業會計賬務對投資採取成本法還是權益法核算，只要被投資企業實際作利潤分配處理，投資方企業就應確認投資所得的.實現。
二、股權投資差額的處理
1.會計處理。會計制度規定，採用權益法核算長期股權投資時，投資企業投資成本與應享有被投資單位所有者權益份額的差額確認為股權投資差額，即股權投資差額=初始投資成本-投資時被投資單位所有者權益×投資持股比例，股權投資差額應按投資準則規定分期平均攤銷，計入投資損益。
2.税務處理。税法規定納税人收回、轉讓或清算處置股權投資而發生的股權投資損失，可以在税前扣除，但每一納税年度扣除的股權投資損失不得超過當年實現的股權投資收益和投資轉讓所得，超過部分可無限期向以後納税年度結轉扣除。
三、投資減值準備的處理
1.會計處理。會計制度、投資準則規定，對短期投資和長期股權投資要定期計提減值準備金，並計入當期投資損益。
2.税務處理。税法規定，納税人的存貨、固定資產、無形資產和投資等各項資產成本的確定遵循歷史成本原則，不允許計提短期投資跌價準備金、長期投資減值準備金。
四、企業以部分非貨幣性資產投資的處理
1.會計處理。企業以非貨幣資產換入的長期股權投資，按換出資產的賬面價值加上應支付的相關税費作為初始投資成本。如涉及補價，按以下規定確定換入股權長期投資的初始成本：收到補價的，按換出資產賬面價值加上應確認的收益和應支付的相關税費減去補價後的餘額，作為初始投資成本;支付補價的，按換出資產的賬面價值加上應支付的税費和補價，作為初始投資成本。
2.税務處理。税法規定，企業以部分非貨幣性資產對外投資時，應在投資交易發生時，將其分解為按公允價值銷售有關非貨幣性資產和投資兩項經濟業務進行處理，並按規定計算確認資產轉讓所得或損失。被投資企業接受非貨幣性資產，可按經評估確認後的價值確定有關資產的成本。
