新型农村合作医疗制度在我国推行已经有50年的历史了，从试点到向全国推行虽然取得了一定的成绩，但是存在的问题还是很多有很多的因素制约着农村医疗制度的发展。
首先是公平性不足，在新型农村合作医疗服务的家庭的筹资上来说，不同收入的家庭医疗卫生的筹资应该按照家庭的收入比例来筹资，但是在现实的筹资中，是按照家庭的人数来筹资的，这就在一定程度上有失公平。在从新型农村合作医疗的资源配置来看，很多卫生技术人员和医生都集中在大型的公立医院，能到乡级以及村级医疗点来的卫生技术人员就少之又少，农村的医疗人员数量明显的不足，并且医疗设施远远没有达到标准。
其次就是新型医疗合作制度让大众的满意程度，新农合制度的最终目标就是切实提高农村的医疗卫生水平，保障农民看病的能力，但是事实上，广大人民群众对新农合的满意程度还是比较低的，由于政策的缺陷性，保障制度的不够全面，在农村，很多老百姓就是感冒发烧等常见病比较多，但是这些病是不能够参保的，只有大病住院的病才能参保，这对农民的用处不是那么的大。农村的医疗设施落后，并且医师的水平不是很高。经过调查研究得知，很多医疗站点医疗设施落后，并且医生水平不是很高，往往就是一个医生，更不用说医师护士等。况且医疗点能接受的'病种非常有限，很多病都看不了。这在一定程度上，对农民的作用不是很大。
最后就是效率太低，新农合的效率太低已经成为一个普遍的现象。新农合之后，很多地方的医药大幅涨价，医疗资源严重的浪费，甚至出现同一种药物不同的参价的情况发生，而且很多地方的报销制度不合理，出现了太多的人为的操作，使新型农村医疗合作制度陷入混乱的局面。没有实现其作用的最大化。
