企業應當在“應交稅金”科目下設定“應交進口關稅”和“應交出口關稅”二個明細科目，分別用來核算企業發生的和實際繳納的進出口關稅，其貸方反映企業在進出口報關時經海關核准應繳納的進出口關稅，其借方反映企業實際繳納的進出口關稅，餘額在貸方反映企業應繳而未繳的進出關稅。
對於進口關稅，應當計入進口貨物的'成本。而對於出口關稅，通常應當計入企業的營業稅金。
一、進口關稅的賬務處理
進口業務分為自營進口和代理進口兩種情況。
(一)自營進口
根據現行會計制度規定，進口關稅構成進口商品的採購成本。企業在計算出應繳納進口關稅時，應借記“商品採購”(商品流通企業)、“材料採購”(工業企業)等科目，貸記“應交稅金--應交進口關稅”科目。企業交納進口關稅時，借記“應交稅金--應交進口關稅”科目，貸記“銀行存款”科目。
[例1]某企業1998年5月1日報關進口貨物一批，離岸價為US$370000，支付國外運費US$22500，保險費US$7500，國家規定進口稅率為30%。進口報關當日人民銀行公佈的市場匯價為1美元=8.00元人民幣，則報關時應納關稅為：
應納進口關稅=(370000+22500+7500)×8.0×30%
=960000元
若為工業企業則作會計分錄如下：
借：材料採購 960000
貸：應交稅金--應交進口關稅 960000
若為商品流通企業則作如下會計分錄：
借：商品採購 960000
貸：應交稅金--應交進口關稅 960000
以銀行存款交納進口關稅時，作會計分錄如下：
借：應交稅金--應交進口關稅 960000
貸：銀行存款 960000
[例2]某公司進口裝置一套，到岸價格為US$200000，報關當日人民銀行公佈的市場匯價為8.30元人民幣，進口關稅稅率為10%，則應納稅額為：
應納稅額=200000×8.30×10%
=166000元
則企業應作會計分錄如下：
借：固定資產 166000
貸：應交稅金--應交進口關稅 166000
以銀行存款繳納進口關稅時，作會計分錄如下：
借：應交稅金--應交進口關稅 166000
貸：銀行存款 166000
(二)代理進口
代理進口業務一般由外貿企業代理委託單位承辦。外貿企業對其代理的進口業務並不負擔盈虧，只是收取一定的手續費。因此代理進口業務發生的進口關稅，先由外貿企業代繳，然後向委託單位收取。外貿企業在代理進口業務中計算出應繳納的進口關稅時應借記“應收賬款--××單位”科目，貸記“應交稅金--應交進口關稅”科目;實際繳納時，借記“應交稅金--應交進口關稅”科目，貸記“銀行存款”科目。委託單位實際向外貿企業支付進口關稅時借記“材料採購”、“商品採購”、“固定資產”等科目，貸記“應付賬款”等科目。
[例3]巨集遠公司委託天興進出口貿易公司代理進口材料一批，天興公司先付定金 4800000元。該批材料實際支付離岸價為US$480000，海外運輸費、包裝費、保險費共計US$20000(支付日市場匯價為8.30元人民幣)，進口報關當日人民銀行公佈的市場匯價為1美元=8.30元人民幣，進口關稅稅率為20%，增值稅稅率為17%。
則有關會計處理如下：
天興公司：
(1)收到預付款時作如下會計分錄：
借：銀行存款 4800000
貸：預收賬款--巨集遠公司 4800000
(2)進口貨物，實際向國外支付貨款和運輸費、包裝費和保險費為4150000元[(480000+20000)×8.30]，則作如下會計分錄：
借：預付賬款--巨集遠公司 4150000
貸：銀行存款 4150000
進口報關時應納稅額為：
應納進口關稅=(480000+20000)×8.30×20%
=830000元
應納增值稅=[(480000+20000)×8.30+830000]×17%
=4980000×17%
=846600元
則企業應作如下會計分錄：
借：預收賬款--巨集遠公司 650000
應收賬款--巨集遠公司 1026600
貸：應交稅金--應交進口關稅 830000
應交稅金--應交增值稅 846600
實際繳納稅款時作如下會計分錄：
借：應交稅金--應交進口關稅 830000
應交稅金--應交增值稅 846600
貸：銀行存款 1676600
企業按規定向巨集遠公司收取商品全部進價10%的代理手續費，則代理手續費為：
代理手續費=(4150000+1676600)×10%=582660元
則企業應作如下會汁分錄：
借：應收賬款--巨集遠公司 582660
貸：代購代銷收入 582660
實際收到巨集遠公司付來的其餘款項時作如下會計分錄：
借：銀行存款 1609260
貸：應收賬款--巨集遠公司 1609260
巨集遠公司：
預付定金時：
借：預付賬款--天興公司 4800000
貸：銀行存款 4800000
實際收到天興公司報來的賬單時作如下會計分錄：
借：材料採購 5562660(4150000+830000+582660)
應交稅金--應交增值稅(進項稅額) 846600
貸：預付賬款--天興公司 6409260
實際支付其餘款項時作如下會計分錄：
借：預付賬款--天興公司 1609260
貸：銀行存款 1609260
