一、發酵機理。雞腿菇的發酵栽培即是將原料拌勻後，按一定規格要求建堆，進入發酵工藝。當堆温達一定要求後，進行翻堆按一定規格要求建堆，進入發酵工藝。一般要翻3~5次，翻堆一定要勻。發酵過程注意打眼通氣和保温保濕。培養料堆制發酵是有機物質在好氣條件下，經多種微生物的作用，發生複雜的生物化學變化的過程。這個過程受堆肥材料、堆制場所、堆積方法、翻堆日程、含水量和微生物參與作用等的影響，而微生物起着特別重要的作用。
1、發酵的微生物學過程。雞腿菇培養料堆制發酵過程要經3個階段：升温階段、高温階段和降温階段。①升温階段。培養料建堆初期，微生物旺盛繁殖，分解有機質，釋放出熱量，不斷提高料堆温度，即升温階段。在升温階段，料堆中的微生物以中温好氣性的種類為主，主要有（無）芽孢細菌、蠟葉芽枝黴、出芽短梗黴、麴黴屬、青黴屬、藻狀菌等參與發酵。由於中温微生物的作用，料温升高，幾天之內即達50℃以上，即進入高温階段。②高温階段。在高温階段，堆製材料中的有機複雜物質，如纖維素、半纖維素、木質素等進行強烈分解，主要是嗜熱真菌（如腐殖黴屬、棘黴屬和子囊菌綱的高温毛殼真菌）、嗜熱放線菌（如高温放線菌、高温單孢菌）、嗜熱細菌（如膠黏桿菌、枯草桿菌）等。嗜熱微生物的活動，使堆温維持在50~70℃的高温狀態，從而殺滅病菌、害蟲，軟化堆料，提高持水能力。當高温持續幾天之後，料堆內嚴重缺氧，營養狀況急劇下降，微生物生命活動強度減弱，產熱量減少，温度開始下降，進入降温階段。③降温階段。進入降温階段後，要及時進行翻堆，再進行第二次發熱、升温，再翻堆，經過3~5次的翻堆，培養料經微生物的不斷作用，其物理和營養性狀更適合食用菌菌絲體的生長髮育需要。
2、料堆發酵温度的分佈和氣體交換。培養料發酵過程中，受條件限制，表現出堆肥發酵程度的不均勻性。依據堆內温、濕度條件的不同，可分為4個區。
①乾燥冷卻區。和外界空氣直接接觸，散熱快，温度低，既幹又冷，稱乾燥冷卻層。該層也是堆肥的保護層。
②放線菌高温區。堆內温度較高，可達50~60℃，是高温層。該層的顯著特徵是可以看到放線菌白色的斑點，也稱放線菌活動區。該層的厚薄是堆肥含水量多少的指示，水過多則白斑少或不易發現；水不足，則白斑多，層厚，堆中心温度高，甚至燒堆，即出現“白化”現象，也不利於發酵。
③最適發酵區。是發酵最好的.區域，堆温可達50~70℃，稱最適發酵區。該區營養料適合食用菌的生長，該區發酵層範圍越大越好。
④厭氧發酵區。是堆料的最內區，該區缺氧，呈過濕狀態，稱厭氧發酵區。往往水分大，温度低，料發黏，甚至發臭、變黑，是堆料中最不理想的區。若長時間覆蓋薄膜會使該區明顯擴大。
料堆發酵是好氣性發酵，一般料堆內含的總氧量在建堆後數小時內就被微生物呼吸耗盡，那麼在一定時間內，料堆中的氧氣是如何補充呢？主要是靠料堆的“煙窗”效應來滿足微生物對氧氣的需要，即是料堆中心熱氣上升，從堆頂散出，迫使新鮮空氣從料堆周圍進入料堆內，從而產生堆內氣流的循環現象。但這種氣流循環速度應適當，循環太快，説明料堆太乾、太鬆，易發生“白花”現象；
循環太慢，氧氣補充不及而發生厭氧發酵。但當料堆發酵即微生物繁殖到一定程度時，僅靠煙窗效應供氧是不夠的，這時，就需要進行翻堆，有效而快速地滿足這些高温菌羣對氧氣及營養的需求，亦是説達到均勻發酵的目的。
3、料堆發酵營養物質發生的變化。培養料的堆制發酵，是物質複雜的化學轉化及物理變化過程。其中，微生物活動起着重要作用，在培養料中，養分分解與養分積累同時進行着，有益微生物和有害微生物的代謝活動要消耗原料，但更重要的是有益微生物的活動：把複雜物質分解為食用菌更易吸收的簡單物質，同時菌體又合成了只有食用菌菌絲體才易分解的多耱和菌體蛋白質。如雙孢菇栽培料中的主要成分是糞草與化肥，它們都不能直接被蘑菇菌絲所分解利用，這些纖維素、木質素為主體的有機物質必須通過堆制，在假單孢桿菌、腐質黴菌、嗜熱鏈黴菌、高温單孢菌或高温放線菌等有益微生物作用下，特別是好熱性中温及高温纖維素分解菌的作用下，降解、轉化成簡單的、可被蘑菇菌絲吸收利用的可溶性物質。同時，放線菌等微生物死亡之後留下的代謝物、菌體蛋白及多糖體，對蘑菇的生長具有活化和促進作用。培養料通過發酵後，過多的遊離氨、硫化氫等有毒物質得到消除，料變得具有特殊料香味，糞草疏鬆柔軟，透氣性、吸水性和保温性等理化性狀均得到一定改善。此外，堆制發酵過程中產生的高温，殺死了有害生物，減輕了病蟲害對蘑菇生長的威脅和危害。可見，培養料堆制發酵是食用菌栽培中重要的技術環節，它直接關係到蘑菇生產的豐歉成敗。因此，在堆制發酵中，要對糞、草發酵原料進行選擇，碳氮源要有科學的配合，要特別注意考慮碳氮比的平衡。培養料發酵既不能“夾生”，也不能堆制過熟。
二、發酵料處理方法。雞腿菇的栽培原料最好選用新鮮，無黴變的。將拌好的料堆成底寬1米，上寬0.7~0.8米，高0.8米的梯形堆，長度不限，表面稍壓平。待温度自然上升至65℃後，保持24小時，然後進行第一次翻堆，翻堆時，要把表層及邊緣料翻到中間，中間料翻到表面，稍壓平，插入温度計，再升温到65℃，如此進行三次翻堆。
1、堆制過程中注意事項：①應加入殺蟲殺菌劑；
②加入石灰，使PH值9~10；
③加水量不可多，嚴防發酵變酸；
④不可壓的過緊，以利通氣；
⑤發酵時間不易過久，發酵階段若過長，會導致嗜熱性微生物生長過盛，導致料內營養物質及水分嚴重消耗，反而影響雞腿菇產量。
2、好的發酵料應具備下列特徵：①雜菌、害蟲被消滅；
②培養一定數量的有益微生物；
③有機質得到分解，可溶性養分增加；
④木質素得到軟化，手感柔軟。
