皖南医学院中西医结合基础专业是在我院全国知名中西医结合研究的前辈与专家汪桐、吴敏毓等教授长期进行中西医结合研究的基础上，依托我院中西医结合研究中心，获得硕士学位授予权的。该硕士点研究方向主要有：
中西医结合临床时间病学，时间医学研究是我院的科研特色之一，我院也是全国较早开展此项科研的少数几个单位之一。该硕士点长期研究基础上，率先提出了“临床时间病学”。重在对临床疾病的发生、发展、治疗、向愈的时间节律性进行研究。主要从中西医理论结合临床实践进行培养。承担过国家留学归国人员基金项目，安徽省科委省重点项目的研究。成果曾获多项省级科学技术奖，出版专著4部，发表论文数十篇。已培养十数位攻读硕士学位研究生，有多位继续深造，取得了博士学位。
方剂与免疫，该方向主要研究以黄芪为主药的方剂，对人体免疫机能的调节作用。在有关方剂对免疫作用调理过程中药量的变化、中药配伍的改变、方剂剂型的变化等方面，做了大量工作，取得令人嘱目的进展，曾承担过国家自然科学基金项目，在国内具有较大影响。主要从方剂对人体免疫系统作用方面，从理论与医学免疫学科学实验技能等方面对研究生进行培养。已培养毕业多届硕士学位研究生。
针灸作用机理研究，该方向曾在国内率先提出经络实质的二重反射假说，该假说被列为我国经络实质的六大假说之一，获得过省高校科技进步一等奖。主要从中枢研究针刺的作用机理，从一般针灸及不同时辰的针刺后脑组织的功能与形态的变化，观察了解针灸的作用机理。在国内具有良好的影响，曾承担过国家攀登计划、省自然科学基金等研究项目。多年来在培养研究生方面，重在形态与分子生物学科学实验操作技能的训练。
中西医结合生殖性学，该方向主要与我院生殖医学研究所、性医学门诊共同承担培养任务，生殖医学研究所是我省唯一的一所专业从事生殖性学临床研究的科研机构。本方向主要研究男子因性功能障碍与少弱精子症所致的不育症，女性因月经失调导致的不孕症等的中西医结合药物治疗。以临床实践与科学实验相结合方式进行研究生的培养。曾出版专著六本。
这些研究方向长期稳定，有的长达30余年历史，最短的也有15年左右了，研究特色明显，积累了大量科研成果与研究经验，对培养合格的硕士研究生起到了很好的作用。
本学科专业基本上每方向都组成了一个导师组对研究生进行培养，研究生在导师组的指导下，进行学习与攻读硕士学位。目前我学科专业各研究方向导师组都有正教授作为主要导师，有年轻的，具有博士、硕士学位的副教授作为导师组导师，参与带教培养研究生。有利于提高研究生的培养质量。
由于我院新校区的`建成，本学科专业实验室由原来的近百平米，扩大到现在的近五百平米，新增了多台万元以上，如动态血压监测仪等与研究方向相关的大型科研设备，实验环境与条件有了明显的改善。
由于中西医结合学发展历史不长，研究生课程需要大力建设。本学科专业积极开展新课程研究，建设了中西医结合时间医学、中西医结合形体医理学、中西医结合概论等新的课程，这些课程所需的教材，有的已经出版，有的即将出版，有的自编印成教材，并用于本学科研究生的教育与培养。
